イメージフォルダやcssフォルダを、テーマフォルダではなくドメイン直下などに設置している方をお見かけします。

テーマを配布するわけでもないので、悪くはないのですがWordpressの利便性をひとつ欠いているかなと思います。

テーマフォルダにまとめておけば、サーバー移管などの時に移動させるのが、テーマフォルダ、アップロードフォルダとデータベースだけで済みます。Wordpressやプラグインは新しいサーバーでインストールしたら出来るので。

オリジナルで制作したデザインテンプレートの画像ファイル、cssなどなどはすべてテーマフォルダに入れてしまいましょう！

なおその時のスタイルシートへのリンク（テーマフォルダにあるstyle.cssへのリンク）は、

<link href="<?php bloginfo('stylesheet_url'); ?>" rel="stylesheet" media="all" />

で、画像等のリンクは、

<img src="<?php bloginfo('template_url'); ?>/images/画像ファイル" alt="">

という感じです。